第三季在第二季事件发生六个月后播出，讲述了乔·利弗伦中尉和吉姆·徐中尉调查两名男孩失踪的故事，他们身后只剩下一辆废弃的自行车和一块血迹斑斑的土地。与此同时，伯纳黛特·马努埃利托（Bernadette Manuelito）试图在离家500英里的边境巡逻队（Border Patrol）适应新生活，但却步履蹒跚....

在内战最激烈的时候，以利亚·杰姆斯通 (Elijah Gemstone) 收到了上天的警示。

该剧以多角度探讨视角、偏见和创伤等问题，其灵感来源于一对中西部夫妇收养了一个患有罕见侏儒症的女孩的令人不安的故事。然而，当他们开始将这个女孩与自己的三个亲生孩子一起抚养时，女孩的年龄和背景却变得扑朔迷离。

莱昂·洛佩兹继续让DI汉弗莱·古德曼和他的团队忙碌，每集都有一个令人困惑的新犯罪。从蒸汽火车上的死亡到一位失踪的老师，这个团队的工作都很艰巨。更重要的是，警察总部威胁要关闭当地派出所，这给他们带来了取得成果的压力。

随着第二季开始，正当Elsbeth Tascioni开始适应她在纽约的新生活和职业生涯时，她在芝加哥犯下的错误再次开始困扰她。分局刚从去年的不愉快中恢复过来，又被一位爱管闲事的新任副警监进行了重组，Blanke警官和Wagner警监因此也面临着各自的挑战。与此同时，团队在与那些自以为可以逍遥法外的人交锋之余，见识了纽约精英阶层更为奇怪的一面。

在调查一户人家的汽车被遗弃在阿肯色州偏远地区离奇失踪的案件时，科尔特对这户人家母亲的过去有了惊人的发现，这使他陷入了有组织犯罪的世界。

约翰从枪伤中恢复过来，和他的团队迎来了两位新兵，并继续追捕两名危险的越狱囚犯。

休班警察受伤。GBI 寻找前特工威尔·特伦特来破案。威尔在调查过程中揭露了过去，在竞争和腐败中洗清了朋友的罪名。情节客观，没有修饰或评判。

在好友兼搭档夏洛克·福尔摩斯死于莫里亚蒂之手的6个月后，约翰·华生重新开始自己的医生事业，成为了一家罕见疾病专治诊所的负责人。但华生过去的生活并没有结束，莫里亚蒂和华生将为这个吸引了读者观众一个多世纪的故事写下属于他们自己的篇章。

战火即将点燃，反抗即将崛起。他为生民立命，踏上反抗军英雄的道路而这一次，他的抉择将改变全银河系的命运。